Du nimmst Proteine von verschiedenen Lebwesen, die aber im Stoffwechsel alle die gleiche Funktion haben.
Von diesen Proteinen ermittelst du jeweils die Aminsosäuresequenz, d.h. die Reiehnfolge der Aminosäuren. Jetzt vergleichst du die Sequenzen der verschiedenen Lebewesen miteinander und guckst, wo gleiche Aminosäuren sind und wo nicht. Je mehr Unterschiede es gibt, desto mehr Mutationen haben stattgefunden, weil eine Mutation häufig zu einer Veränderung der Aminosäure führen, weil das Triplett verändert ist. Da es eine bestimmte Mutationsrate gibt, kannst du so herausfinden, wie viele Mutationen stattgefunden haben und wie lange die Arten schon getrennt sind.